Artikkel

Informatikk og biologi smelter sammen

Bioinformatikk
DNA-modeller på PC-skjerm. Illustrasjonsfoto: Colourbox

Informatikk og biologi smelter sammen

Forskningen innen helse og biologi har tatt sjumilssteg ved bruk av ny teknologi. Nå tar forskerne nye steg for samarbeid gjennom opprettelsen av Senter for bioinformatikk.

– Biologer og informatikere på universitetet har samarbeidet lenge, men nå styrker vi dette gjennom etableringen av Senter for bioinformatikk, sier Eivind Hovig, som er ansatt som leder for senteret.

Foreløpig er det tomt i hyllene på Hovigs nyinnflyttede kontor på Institutt for informatikk (IFI), men de vil nok raskt fylles av fagbøker, rapporter og annet når senteret for alvor ruller i gang aktiviteten.

Eivind Hovig
Eivind Hovig er på plass på det ferske senteret for bioinformatikk. Foto: Gunhild M . Haugnes/UiO Bruk bildet.

Dette er den spede starten på noe som er tenkt å bli et svært viktig miljø i det nye livsvitenskapsbygget ved UiO, som kan stå ferdig om rundt seks år.

DNA, celler og genomikk

Samarbeid mellom informatikere, biologer og medisinere har ført til at forskningen har gjort store framskritt. Det gjelder blant annet innen DNA-sekvensering – som følge av bruk av avanserte databeregninger og dataanalyse.

Foreløpige forskningsområder som er blinket ut for det nye senteret er sammenhengen i organiseringen av arvestoffet mellom ulike arter og betydningen av den romlige organiseringen av arvestoffet i cellekjernen.  Tredimensjonal modellering benyttes også mye i studiet av både DNA og proteiner for å forstå virkemåter.

Nye grafbaserte metoder for å representere variasjon i DNA-oppbyggingen mellom og innen arter er noe for fremtiden. Bildedannelse på cellenivå, sekvensering av DNA og CRISPR-teknologien er også sentrale stikkord.

Samtidig håper Hovig at senteret kan være en sentral støtte i arbeidet med «den nye vinen» innen legemiddelvitenskap, nemlig presisjonsmedisin – det vil si å utvikle medisin tilpasset den enkelte pasient.

– På disse områdene har vi svært god kompetanse som vi kan bygge videre på, sier han.

Utover det vil ha ikke forskuttere for mye hva senteret skal jobbe med.

– Her blir absolutt veien til mens vi går. Målet er å skape et miljø hvor vi bringer sammen mennesker med ulik kompetanse. Det håper vi skal føre til at nye problemstillinger og ideer oppstår.

Vil du har flere forskningsbyheter om teknologi og realfag: Følg Titan.uio.no på Facebook eller abonner på nyhetsbrevet vårt

Vil tydeliggjøre informatikk

Hittil har informatikk ofte vært et verktøyfag innen biologi og medisinsk forskning. Hovig håper at informatikere i større grad skal være sentrale og selv definere rammene og blant annet stå i bresjen for å søke forskningsmidler.

Senter for bioinformatikk

Nytt senter ved Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet ved UiO, hvor Institutt for informatikk og Institutt for biovitenskap er sentrale aktører i oppstarten – sammen med Kjemisk institutt og Farmasøytisk institutt.

Etter planen skal også andre aktører knyttes til senteret. Senteret vil jobbe etter tre pilarer: forskning, utdanning og infrastruktur.

– Informatikkfaget må bli tydeligere og mer overgripende i forskningen, sier Hovig, som håper at senteret skal ha bygget et så sterkt fagmiljø at det kan søke om å bli et Senter for fremragende forskning (SFF) i en ikke altfor fjern framtid.

Og i mellomtiden vil det fylles med mennesker. I første omgang dreier det seg om forskere fra ulike institutter, som biovitenskap, farmasi og kjemi. Og det tas ikke minst utgangspunkt i forskningsgruppen BMI (BioMedical Informatics) ved IFI. Dessuten har Institutt for biovitenskap (IBV) lyst ut en fast vitenskapelig stilling som også vil bli tilknyttet senteret.

– Men målet er også å knytte til oss en rekke andre fagmiljøer, for eksempel biostatistikere, matematikere og samfunnsforskere, for eksempel innen psykiatri.

Søker bredt samarbeid

Også en rekke eksterne aktører står på Hovigs ønskeliste som samarbeidspartnere. Det handler blant annet om sykehusmiljøer som OUS og Helse Sør-Øst, forskningsinstitusjoner som Sintef, Veterinærinstituttet og Norsk Regnesentral, samt næringslivsaktører.

– Vi håper disse vil ha en aksje i senteret. Det er strengt nødvendig for å oppnå den dynamikken vi ønsker, sier Hovig, som har stor tro på at Oslo-regionen som landets største by har gode forutsetninger for å bli et kraftsenter innen bioinformatikk.

Eivind Hovig
Eivind Hovig mener det er viktig med bredde og tverrfaglighet. Foto: Gunhild M . Haugnes/UiO Bruk bildet.

Noen skal jobbe på senteret på heltid og andre på deltid mens de samtidig er tilknyttet andre forskningsmiljøer. Hovig skal selv jobbe 70 prosent med å bygge opp senteret og 50 prosent på Radiumhospitalet.

Fra starten vil trolig et tyvetall mennesker være knyttet til senteret, et tall Hovig håper skal øke til 45 frem mot innflyttingen i livsvitenskapsbygget.

– Vi ser for oss at senteret blir bygget som en matriseorganisasjon, sier Hovig, som selv har jobbet i skjæringspunktet informatikk, biologi og medisin i en årrekke og også har vært med på å stifte flere selskaper innen disse fagfeltene.

Tverrfaglige studier

I tillegg til forskning er undervisning og infrastruktur viktig. Og det vil bli bygget opp nye studier i tilknytning til senteret.

– Det må utvikles flere tverrfaglige kurs, det er det som er fremtiden. Biologer må for eksempel lære mer programmering, statistikk, matematikk og språkteknologi, sier Hovig.

Allerede er det kommet på plass et innføringskurs i beregningsmodeller innen biovitenskap. Les mer om kurset her.

Forskerne vil også bruke såkalt containerteknologi for fleksibelt å kunne bygge store dataapplikasjoner som kan operere i ulike teknologiske miljøer og løse sammensatte problemer.

Samtidig legges det opp til tett samarbeid med USIT og deres systemer og kompetanse innen tungregning. Det gjelder ikke minst sikker håndtering av sensitive data – som det naturlig nok er mye av innen biologi og helse.

Kontakt:

Eivind Hovig, professor ved Institutt for informatikk og leder for Senter for bioinformatikk

Mer på Titan.uio.no:

Skriv ny kommentar

Verifiser deg (din epost-adresse vil ikke bli vist offentlig)

Les også

Dagens islandshester nedstammer antakelig fra hestene som ble gravlagt sammen med vikinger på Island.

Powerful Icelandic Vikings were buried with stallions

Ancient DNA from 19 horses found in Viking graves on Iceland have been examined, and the researchers found that all the horses, except one, were male. This implies that the virile and somewhat aggressive male horses were slaughtered in a ritual that was intented to demonstrate the power and status of the deceased Viking.

Foto fra Den norske Opera og Balletts oppsetning av Gengangere i 2017

Henrik Ibsen: Fremragende forfatter, fraværende farmasøyt

Den unge Henrik Ibsen jobbet på apotek i seks år og møtte mange som trengte hjelp mot hoste og lungesyke, smerter og syfilis. Han lærte også å lage salver og miksturer. Hvorfor brukte han aldri disse spennende temaene i de dramatiske verkene han skrev senere?