Artikkel

Digital snikkarverkstad lærer forskarar koding

Hanna Helgeland
– Ingen kan vere ekspertar på alt, seier Hanna Helgeland og understrekar at det trengs både klassiske biologar som er på laboratoriet og personar som kan bioinformatikk og statistikk. Foto: Åsmund H. Eikenes/UiO Bruk bildet.

Digital snikkarverkstad lærer forskarar koding

– Det er som å lære seg eit nytt språk som du verken kan lese eller skrive, seier biolog Hanna Helgeland. Ho lærte seg å kode på eit gratis kurs på biblioteket. Det gjorde jobben mykje enklare og meir interessant.

– Det blir så store filer at ein vanleg biolog ikkje veit kva ein skal gjere med dei, seier postdoktor Hanna Helgeland.

Ho arbeider ved avdeling for strålingsbiologi på Radiumhospitalet og er utdanna molekylær genetikar. Ho står ikkje lenger på laboratoriet, men arbeider mest med bioinformatikk, det vil seie at ho nyttar IT til å forstå biologiske prosessar. Vegen dit har gått gjennom programmeringskurs og dumme spørsmål til Google.

Ville gjerne lære

I doktorgradsarbeidet nytta Helgeland klassiske metodar på laboratoriet for å kartlegge gen som gjer at laksen vert raud. Etter disputasen ville ho derimot gå i retning av bioinformatikk og søkte på ei stilling som postdoktor i medisinsk genetikk på Ullevål.

– Eg selde meg inn med at eg ikkje kunne bioinformatikken enno, men at eg veldig gjerne ville lære meg det, forklarar Helgeland.

Fire år seinare har ho starta sin andre postdoktorperiode. Vi møtes til ein prat i forskingsbygget på Montebello, der Helgeland engasjert viser fram analyseverktøya ho nyttar i det nye prosjektet.

Gult, blått og raudt

No forskar ho på prostatakreft. Gruppa er mellom anna interessert i korleis immunceller bidreg til utvikling av kreftsvulstar, og jobben til Helgeland er å gjere det mogleg å tolke, vurdere og forstå resultata.

– Dette har tatt meg berre ein halv dag, seier ho og peikar mot eit fargekart på den eine skjermen.

Grafen, ein såkalla heatmap, viser korleis dei ulike gena er uttrykt i pasientprøvane. Enkle fargar i gult, blått og raudt viser at nokre av svulstane er likare enn dei andre. Grafen gir viktig informasjon, sjølv om analysearbeidet tok nokså kort tid.

–  Eg lasta ned eit skript frå internett, importerte datasettet, ga beskjed om korleis eg ville at grafen skulle sjå ut og trykka enter.

«Programming for Dummies»

Så enkelt har det ikkje alltid vore, for det ligg mange hundre timar med innsats bak kunnskapen som Helgeland nyttar i den nye stillinga. Mykje av det har ho lært seg sjølv.

– Det er som å lære seg eit nytt språk som du verken kan lese eller skrive, seier ho.

Hanna Helgeland
– Dette har tatt meg berre ein halv dag, seier Hanna Helgeland om kodesnuttane som produserer eit fargekart på den eine av dei tre skjermane. Foto: Åsmund H. Eikenes/UiO Bruk bildet.

Dataprogramma nyttar skriftlege kommandoar for å utføre oppgåver og har sjeldan knappar med enkle symbol. Programmering i Python eller R samt kommandoar i Unix Shell er noko av det ho har måtte lære seg. Ho fortel at ho starta med å google.

– Så i starten nytta du ein arbeidsdag på å google «How to do Python»?

– Åh, ikkje berre éin. Mange!

Helgeland fortel vidare om ei læringskurve som starta flatt, men som vart stadig brattare. Etter kvart fekk ho taket på kommandolinjene. Så oppdaga ho at Universitetet i Oslo tilbyr kurs for forskarar og andre som ønskjer å lære seg å programmere.

– Det var veldig, veldig nyttig. Eg lærte ting på kurset som eg kunne implementere med ein gong, seier Helgeland om det siste kurset ho deltok på, kalla «R for Reproducible Science».

Digitale snikkarar

Det er Oslo-avdelinga av den amerikanske organisasjonen Software Carpentry som driv kursa. I 2012 organiserte biolog og sjølvlærd bioinformatikar Lex Nederbragt ved Institutt for biovitskap det første kurset i Noreg. I fjor vart Universitetet i Oslo partnar i den internasjonale satsinga.

Instruktørane er frivillige forskarar som sjølv har delteke på eitt eller fleire kurs. Kvart semester held 12 instruktørar og eit like stort tal assistentar hyppige kurs for Oslo-baserte forskarar.

– Vi tiltrekk oss masterstudentar, stipendiatar og forskarar innan alle fagfelt frå UiO, NMBU, HiOA og Nasjonalbiblioteket, seier han.

Nederbragt fortel vidare at kursmateriellet stadig er under utvikling, der dei ulike modulane vert finslipt og forbetra av instruktørar over heile verda. Resultatet er at deltakarar i Australia, Sør-Afrika, USA og Noreg får den same kunnskapen om datahandtering og programmering.

Ei ny undersøking blant deltakarane viser at opplæringa får positive konsekvensar for vidare forskingsarbeid. Deltakarane rapporterer at dei vert tryggare på forskingsarbeidet sitt, samt at dei utfører meir reproduserbare analysar. Erfaring med programmering gir også positiv merksemd frå kollegaer og gjer deltakarane meir attraktive i karrieresamanheng.

Vil du lese meir om forskinga i realfag og teknologi? Følg oss på Facebook eller abonner på nyhetsbrevet vårt.

Midt i blinken for biblioteket

Live Rasmussen
Live Rasmussen seier det er midt i biblioteket sitt kjerneområde å legge til rette for slik kompetanse. Foto: UiO

Ifølgje leiar Live Rasmussen ved Realfagsbiblioteket er Carpentry-satsinga også viktig for å vidareutvikle korleis forskinga på universitetet føregår.

– Dette er slik som vi ser at dei beste fagmiljøa jobbar, med ein delingskultur for å bygge kompetanse på tvers av fagområde og fagmiljø, forklarar Rasmussen.

Ho fortel at Realfagsbiblioteket var snare til å ta på seg oppgåva med å sikre infrastruktur for kursa, og dei siste to åra har dei fleste av kursa vore fullbooka.

– Å legge til rette for at studentar og forskarar har den kompetansen dei treng for å gjere ein best mogleg jobb, er midt i biblioteket sitt kjerneområde, seier Rasmussen.

Saman med universitetet sitt senter for informasjonsteknologi, USIT, bidreg dei tilsette på biblioteka til å gjere forskarane betre rusta til digitalt forskingsarbeid. Dette inkluderer rutinar for arbeidet med å samle inn, analysere og lagre forskingsdata. Resultata må oppbevarast på ein sikker måte som gjer at dei kan finnast fram til av andre forskarar i framtida.

Ein betre forskar?

På Radiumhospitalet fortel Helgeland at programmeringa mellom anna gjer det lettare å gå tilbake til analysar ho har gjort før. Programma lagrar alle kommandoane ho skriv og loggfører korleis ho analyserer dataa. Vanlege program som berre har peik-og-klikk gir ikkje den same moglegheiten for andre forskarar til å gå tilbake og sjå akkurat kva som vart gjort.

Sjølv om kunnskapen til Helgeland er nyttig, understrekar ho likevel at det trengs både klassiske biologar som er på laboratoriet og personar som kan bioinformatikk og statistikk.

– Eg er avhengig av folk som er veldig flinke på labben. Eg har ingen data å analysere dersom ikkje nokon genererer dei. Ingen kan vere ekspert på alt.

– Har du blitt ein betre forskar av å lære deg bioinformatikk?

– Ja, det vil eg absolutt seie. Eg har blitt meir effektiv.

Ho trekk fram eit typisk eksempel der ho må legge til ein dato i filnamnet til 200 filer. I staden for å utføre denne oppgåva manuelt, kan Helgeland og andre som meistrar koding lage eit enkelt skript som utfører oppgåva for dei. Det er ikkje særleg vanskeleg for dei som har knekt koden.

– Det er jo ein one-liner, konkluderer ho og ler.

Meir på Titan.uio.no:

Skriv ny kommentar

Verifiser deg (din epost-adresse vil ikke bli vist offentlig)

Les også

Løvenes konge-pastisj

Kampen om dyretronen

En sibirsteinbukk-hunn vil bare følge den hannen som har vunnet i kamp mot de andre, hos flekkhyenen er det hannene som vier livet sitt til å følge hunnene. Sosialt hierarki i dyreriket er like varierende som dyrene selv.

Hus begravd i slam etter Lusi-utbruddet

Kilden til verdens største slamutbrudd er funnet

I 2006 ble det utløst flere slamutbrudd fra vulkaner nordøst på den svært folkerike øya Java.  Det mest aktive utbruddet - Lusi - er fortsatt aktivt, og forskerne ser det nå i samenheng med et nærliggende vulkansystem.

Professor Norbert Roos med et av IBVs kryoelektronmikroskoper

Mange ristet på hodet, men resultatet ble en nobelpris

Kjemikeren Jacques Dubochets første forsøk på å lage et kryoelektronmikroskop endte med at linsene i mikroskopet ble brukt til verdens dyreste askebegre. De neste forsøkene gikk bedre, og nå er innsatsen belønnet med en nobelpris.