Image
Covid-virus

Pandemien har økt behovet for virussekvensering. Illustrasjon: Colourbox

Norske gensekvenser av koronaviruset blir offentliggjort

Gensekvenser av SARS-CoV2-viruset fra norske pasienter blir nå offentliggjort i den åpne genbanken ENA, European Nucleotide Archive.

– Det er viktig å få rask og åpen tilgang for å vite hvordan viruset utviklet seg og hvilke mutasjoner som kan gi konsekvenser for samfunnet, sier professor Eivind Hovig ved Institutt for informatikk og Senter for bioinformatikk ved Universitetet i Oslo og leder av ELIXIR Oslo.

Det er derfor Folkehelseinstituttet (FHI) vil dele data om norske influensavirus gjennom European Nucleotide Archive (ENA), som er åpent tilgjengelig for alle. Bruk og deling av slike data har tidligere vært lisensbasert. ELIXIR bistår FHI i dette arbeidet.

– Det er et behov for at informasjonen kommer raskt ut. Etter hvert som pandemien utviklet seg, økte behovet for virussekvensering også i Norge. Det var lite oversikt over hvordan virus muterer og spredte seg her.

– Det har vi nå mer oversikt over gjennom økt sekvensering og lett tilgjengelige data, sier Hovig til Titan.uio.no.

Ifølge Hovig er de første norske sekvensene delt allerede, og ELIXIR vil bistå med å legge ut flere tusen slike norske virussekvenser etter hvert som de sekvenseres. Dette vil skje både med sekvenser fra FHI og etter hvert også med sekvenser fra sykehusene.

– Ved deling av rådata er det mulig å foreta systematiske sammenligninger av alle tilgjengelige SARS-CoV-2-sekvenser internasjonalt. Det er viktig at norske sekvenser er en del av dette, sier UiT-professor Nils Peder Willassen, nestleder for ELIXIR Norge i en pressemelding.

Vasker DNA

Universitetet i Oslo bidrar også gjennom USITs Tjenester for Sensitive Data, der man kan håndtere sensitive data på en trygg måte for å fjerne det som måtte være av data om humant DNA fra prøvene.

– Det er viktig å fjerne de humane DNA-sekvensene fra prøvene fordi det kan være en risiko for å gjenkjenne personer basert på dette, sier Hovig.

– I prinsippet kan en persons DNA-sekvens knyttes mot en person dersom noen slik sekvensinformasjon er kjent fra før, for eksempel gjennom slektsforskningsaktivitet der sekvensinformasjon kan deles, forklarer Hovig.

Fakta

ELIXIR Norge

ELIXIR er en Europeisk organisasjon som utvikler og drifter infrastruktur blant annet  knyttet til deling og bearbeiding av forskningsdata og ELIXIR Norge bidrar til dette. ELIXIR Norge hjelper også forskere med analyse og behandling av data, med infrastruktur for lagring, opplæring av brukere, og deling av data innen livsvitenskap.

ELIXIR Norge har også utviklet og drifter en portal for alle norske forskere rundt Covid-19-viruset: Covid19dataportal.no. Der kan forskere finne info om virusutvikling og evolusjon, og ressurser for forskere, særlig for Norge, men også internasjonale ressurser.